ThinkPad X201s + Ubuntu 10.04 + ThinkPadトラベルキーボードウルトラナビ付きにはWinキーが元々付いていないため、右ALTをWinキーとして割り当てるようにした時のログです。
キーボードのAltとSuper(Win)を入れ替える。 – 雑記帳
上記で紹介されているように「/usr/share/X11/xkb/keycodes/evdev」を下記のように編集して再起動すれば変更されていると思います。
<RALT> = 134; //<RALT> = 108; <RWIN> = 108; //<RWIN> = 134;